Program pendidikan di Pesantren Ittihadul Muhibbin diselenggarakan secara terpadu selama 24 jam, mencerminkan kehidupan belajar santri yang berlangsung sepanjang hari.
Program Reguler
Program pendidikan bagi calon santri tamatan Sekolah Dasar (SD)/Madrasah Ibtidaiyah (MI) dengan lama pendidikan 6 Tahun.
Program Intensif
Program pendidikan bagi tamatan Sekolah Menengah Pertama (SMP) atau Madrasah Tsanawiyah (MTs) dengan lama pendidikan 4 tahun.